Проблема VirusTotal в том, что файлы не должны превышать 650мб. Да, большинство файлов он проверит, но не все.
И вроде как архив не может. То есть, если в архиве будет заражённый файл, то он не найдёт его, а если проверять файлы отдельно - тогда да, обнаружит.